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因为很多水中都是会有大量的菌藻生物，而且其繁殖效率高，非常容易造成水污染等，所以还是要将其彻底清理掉。杀菌灭藻剂就可以达到非常不错的灭藻效果，可以逐步将其消除掉，后期也可以彻底将其消灭，保证水质等不受到污染。此类灭藻剂是具有很强的渗透性，同样也有粘泥剥离的功能，所以是可以直接进行渗透，将埋在泥土中的一些有害病菌等彻底杀灭掉。这样不只是可以保证灭藻的效果，同样也可以进行整体水域环境的清洁，能够保证良好的使用效果。
杀菌灭藻剂是具有很强的去油效果，还可以除臭、减缓腐蚀等，所以其应用领域也同样很广。尤其是一些化工厂、油田企业等，基本上都是要使用到此类灭藻剂的。其使用效果好，而且也可以保证去除掉油污等，所以实用性上也是非常不错的。某些气体杀菌灭藻剂的效果受环境相对湿度的影响，如环氧乙烷。相对温度越高，杀菌效果越差。水分活度是微生物对保护对象中水的利用程度。每种材料的水分活度值不同，所以降低材料的水分活度值可以增强杀菌灭藻剂的效果，反之，如果水分活度值较大，也使杀菌灭藻剂失去效果。
杀菌灭藻剂一般可以直接撒。广泛应用于石油、化工、电厂、皮革、建筑、涂料、纺织、机械、油田等行业，是一种冷却水系统和工业水处理系统。用于控制循环冷却水系统中细菌和藻类的生长，防止微生物黏液的形成。杀菌作用是氯在水中生成分子状态的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的细胞膜与蛋白质生成稳定的N-CL键，使呼吸作用所必需的还原酶减弱或失去活性，较高浓度时会破坏细胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，杀菌效果越好。
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